《瘟疫论》不仅传承与发展了宋以前的伤寒学说、《素问》《灵枢》倡导的热病学说, 而且发展了古代的疫病理论和开创了杂气致病学说, 为清代温病学奠定了基础。吴又可倡导的疫气致病理论, 最接近现代医学的微生物致病学说, 是当时世界上最先进的病原学说, 至今仍有临床指导意义。